
Ao longo de sua história o Mercado Modelo foi marcado por grandes incêndios. O primeiro deles ocorreu em 1922, que quase o destruiu completamente, obrigando os comerciantes a se transferirem provisoriamente para outros locais. O prédio seria logo recuperado para que o abastecimento da cidade não ficasse comprometido.
Somente 21 anos depois, em 1943, ocorreria o segundo incêndio causando apenas danos parciais.
Em agosto de 1969 aconteceria mais um incêndio, que desta vez destruiria completamente o prédio e obrigaria os comerciantes a definitivamente se mudarem. Somente em 2 de fevereiro de 1971, após negociação entre os governos municipal, estadual e federal, o novo Mercado Modelo passaria a ocupar o prédio da casa da alfândega, atual endereço, que se encontrava fechado.

O último incêndio registrado ocorreu em 1984 causando sérios danos ao prédio, que passaria por um completo trabalho de recuperação, respeitando o plano arquitetônico original. Terminada em tempo recorde, em 08 de dezembro de 1984, a reforma introduziria algumas modificações, como concreto pré-moldado e cobertura de telhas coloniais.
Atualmente o prédio possui um moderno equipamento de prevenção contra incêndios que possui sistema de alarme, detectores de fumaça e escapamento de gás, mangueiras, extintores e hidrantes espalhados por todos cantos.
Assim os comerciantes confiam que tragédia como a de 1984 nunca mais se repita.
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