Um novo porto, uma nova Alfândega, e um novo mercado.

No final do século XIX, o litoral do bairro do Comércio de Salvador, área do porto da cidade, era composto por um mosaico de cais e pontos de atracação - os cais do Pedroso, do Ramos, do Gaspar, de Santa Bárbara, do São João, do Ouro  e do Bulcão, entre outros - além de uma infinidade de trapiches e armazéns. Neste cenário, se misturavam o embarque e desembarque de produtos de importação e exportação com o comércio de abastecimento da cidade através dos mercados municipais de São João e Santa Barbara e o comércio informal das feiras livres e dos cantos tradicionais, mantidos por vendedores ambulantes.

Demandas do comércio marítimo do século XIX levaram, a partir de 1854, à elaboração de planos para a ampliação e modernização do porto de Salvador e de sua infra-estrutura administrativa. Entre as primeiras obras realizadas neste sentido, estava a Terceira Casa da Alfândega de Salvador, construída em frente à alfândega antiga, localizada na atual Praça Visconde de Cayru. Os aterramentos necessários a contsrução foram iniciados em 1843, e o prédio em estilo neoclássico, construído à beira-mar a partir de 1854, foi concluido em 1868. A Alfândega antiga permanecia no local até 1914, separada da nova por um patio.
A partir de 1878, surgiram planos para a construção de um moderno centro de abastecimento na cidade, já que os projetos da ampliação do porto previam que a maioria dos antigos cais e mercados iriam perder seu acesso marítimo, essencial, na época, para seu funcionamento. Além disso, os conceitos de modernização do espaço urbano e da higiene pública trazidos com implantação da República, visavam a convergência do comércio de gêneros alimentícios, com objetivo de minimizar a existência das feiras livres, tidas como ameaças, quer à higiene, quer à segurança da cidade.

O projeto da modernização do porto de Salvador foi aprovado em 1906. Como local do centro de abastecimento, foi escolhido uma área no domínio do antigo Arsenal da Marinha (atual sede do Segundo Distrito Naval), desativado desde 1899, onde funcionava a Escola de Aprendizes-Marinheiros da Bahia. Em 1911, iniciou-se a construção do Mercado Modelo, no local atual  escultura do artista plástico Mario Cravo Júnior, logo ao sul da Praça Cairu. Inaugurado em 1912, o novo Mercado estava construído de forma retangular, medindo 2.400 m² (40x60 metros). Para os padrões estéticos da época, o prédio consistia numa arquitetura bastante incomum, com a estrutura importada, totalmente metálica, circundada de marquises e cobertura de zinco, formada por três elementos distintos, proporcionando a ventilação natural. Tudo indica que essa construção foi a primeira a possuir completa estrutura metálica em Salvador.
Não obstante, a sociedade baiana não recebeu bem esse tipo de arquitetura, ousada para o padrão local. Por isso, já em 1915, o Mercado Modelo sofreu uma nova intervenção, sob a orientação do engenheiro italiano Filinto Santoro. Foram acrescentados outros 900 m² ao prédio, através de um anel periférico que incluía 55 lojas voltadas ao exterior. A fonte central no interior foi relocada na área próxima à entrada e transformada em chafariz. O anel periférico era fechado por dez portões e uma fachada de cimento armado em estilo monumental, conferindo ao prédio a aparência pela qual ficou conhecido através de cartões postais e fotos da época. 
Em frente ao prédio existia, ao longo do ancouradouro da Alfândega, um pequeno porto, esculpido por aterros realizados a partir de 1860, pertencente ao domínio do antigo Arsenal da Marinha e conhecido, no século XIX, como "caldeira". Este espaço passou a funcionar como atracadouro do mercado, incluindo ao seu fundo uma rampa, para facilitar o desembarque em larga escala das mercadorias que chegavam aqui por via marítima. O projeto de Santoro também previa a construção de um hangar para a instalação de feiras, que porém nunca chegou a ser executada. Como desde o início do funcionamento do mercado, a Prefeitura e as demais autoridades consentiam com a venda de frutas, louça indígena e outros produtos no exterior do edifício, existia também, desde cedo, uma pequena feira livre em sua frente, chamada, pelos jornais da época, de "Costa D'África".

Como revelam diversos relatórios do Corpo de Bombeiros da Bahia dos fins do século XIX, incêndios em mercados e trapiches e armazéns foram bastante comuns naquela época, e o Mercado Modelo não iria ser uma exceção. Em 1917, o edifício sofreu o primeiro de uma série de incêndios históricos que iriam marcar a sua biografia. No dia 7 de janeiro de 1922, durante a madrugada, um segundo incêndio, de proporções bem maiores, trouxe prejuízos incalculáveis, o que obrigou os comerciantes a procurar outros locais para se instalarem provisoriamente. Por causa da pintura na cor verde que recebeu durante a sua restauração, o Mercado Modelo foi apelidado pelo povo de “Tartaruga Verde”.